第25條規定「藍色公路專用碼頭靠泊船席，平時應保持淨空，不作加油、加水、修護、補給、休息等使用，僅供經申請核准之船舶載客上下岸使用。
使用藍色公路專用碼頭，以先到先用為原則。每艘船舶載客上下岸作業時間不得超過三十分鐘，作業完畢即應駛離，不得滯留、休息或妨礙其他船舶使用。」
第26條規定「使用藍色公路專用碼頭不得有下列行為：
一 採捕或養殖水產動植物。
二 排洩有毒物質、有害物質、廢污水、廢油或任意投棄廢棄物。
三 作釣魚、訓練、跳水、游泳或未經核准之水域遊憩活動。
四 其他妨害碼頭安全或污染碼頭之行為。」
